انتهجت المؤسسة منذ تأسيسها ترسيخ البناء المؤسسي بما يضمن تحقيق رسالة حماية المودعين بضمان ودائعهم لدى البنوك وفق أحكام القانون، وبما ينسجم والمبدأ الثالث (الحوكمة) من المبادئ الأساسية المعدلة لأنظمة ضمان الودائع الفعالة الصادرة عن الهيئة الدولية لضامني الودائع (IADI) والـذي يقضـي بأنـه "يجـب أن يكون ضامن الودائع مستقل مالياً وإدارياً وأن يمارس أعمالـه بشـفافية ومسـؤولية وبمعـزل عـن أي تدخـل خارجـي".

وتـم وضـع الملامـح الرئيسـة لنظـام ضمـان الودائـع ضمـن إطـار قانونـي شـامل يوضّح أهداف المؤسسـة والمهـام والأدوار المناطة بها، وحقـوق المودعيـن وإطار التعامل مـع الأطـراف الأخـرى ذات العلاقة. كما حدد قانون المؤسسة مهـام وصلاحيـات مجلـس الإدارة والمدير العام بما فيها وضع الهيكل التنظيمي الذي يوضح الوحدات التنظيمية واللجان الدائمة المتخصصة لإدارة شؤون وأعمال المؤسسة.

كما ويعتبر مبدأ الافصـاح والشـفافية جزء أساسي في تعزيز مفهوم الحاكمية في المؤسسة، بحيث تلتـزم المؤسسـة بمتطلبـات الإفصـاح وفقـا للمعاييـر ومتطلبـات الجهـات الرقابيـة. ولذلك فهي تقوم بنشر وعـرض البيانـات الماليـة بدقـة وعدالـة وبشكل موثوق للتأكد من أن أصحاب المصالح على اطلاع ودراية بالمعلومات الجوهرية الناتجة عن عمليات المؤسسـة ونشـاطاتها.

وتُعزز ممارسات الحوكمة من قدرة المؤسسة على إدارة المخاطر والامتثال للقوانين والتشريعات، حيث تتبنى المؤسسة نهجا شاملا ومتكاملا في تطبيق مبادئ الحوكمة المؤسسية وإدارة المخاطر والامتثال (GRC) وبما يساهم في تحقيق الأهداف المؤسسية وتطوير الاداء ومواجهة التحديات.